Aviečių uogų derlius priklauso ne tik nuo veislės. Mažiau uogų gali užderėti dėl šalčio padarinių, kenkėjų bei ligų. Labiausiai paplitusios ir pavojingiausios yra stiebų ligos – žievėplaiša ir deguliai.

Žievėplaišos sukėlėjas yra avietinis dvyngrybis (Didymella applanata), degulių – avietinis svylagrybis (Gloeosporium venetum). Paprastai kartu su grybais avietėms kenkia ir avietiniai ūgliniai gumbauodžiai (Resseliella theobaldi) bei avietiniai gumbauodžiai (Lasioptera rubi). Visų šių žaladarių pakenkimai vadinami kompleksine liga. Dažnai manoma, kad aviečių stiebai nušalo, o iš tikrųjų jie išdžiūvo, pažeisti ligų ir kenkėjų komplekso bei paveikti šalčio.

Daugelis tyrėjų mano, jog cheminės apsaugos priemonės nuo kompleksiškos ligos ne visada būna veiksmingos. Lietuvos sodininkystės ir daržininkystės institute atliktų aviečių apsaugos nuo ligų ir kenkėjų tyrimų metu taikyta kompleksinė apsaugos sistema, t. y. šalinti pažeisti ūgliai ir naudotos skirtingų cheminių grupių apsaugos priemonės. Buvo siekiama išsiaiškinti optimaliausią šių priemonių naudojimo laiką ir įvertinti jų efektyvumą nuo žalingiausių aviečių ligų ir kenkėjų.

Aviečių apsaugai nuo ligų ir kenkėjų naudojant skirtingo intensyvumo apsaugos sistemas, pagerėjo avietyno fitosanitarinė būklė: kontroliniame variante 60 proc. aviečių sirgo deguliais ir 50 proc. aviečių buvo pažeistos žievėplaišos. Avietes nupurškus keturis kartus per vegetaciją, šių ligų paplitimas atitinkamai sumažėjo iki 4 ir 2,7 proc., o vidutinis preparatų efektyvumas nuo grybinių stiebų ligų siekė 93–95 procentus. Aviečių apsaugai panaudojus ir minimalią cheminę apsaugos sistemą kartu su agrotechninėmis priemonėmis (kai nuėmus derlių išpjaustomi ne tik jau derėję, bet ir stipriai sergantys aviečių ūgliai), gautas 92 proc. efektyvumas nuo degulių ir 94 proc. efektyvumas nuo žievėplaišos.

Minimalaus intensyvumo apsaugos sistema nuo aviečių ligų ir kenkėjų, kai fungicidai ir insekticidai naudoti aviečių žiedpumpurių tarpsniu ir nuėmus derlių, veiksmingai stabdė aviečių stiebų ligas. Ši sistema efektyvi buvo ir nuo lapų dėmėtligių; jos efektyvumas siekė 83–87 proc., nors tarp purkštų variantų esminių skirtumų nėra. Kontroliniame variante 12 proc. aviečių lapų sirgo šviesmarge, o purkštuose variantuose liga plito penkis kartus mažiau ir siekė tik 2,3 procento. Minimalaus intensyvumo apsaugos sistema nuo aviečių kekerinio puvinio, kurį sukelia Botrytis cinerea, buvo mažiau efektyvi negu vidutinio intensyvumo ir intensyvios apsaugos sistemos; jos efektyvumas siekė 77 procentus. Tai būtų galima paaiškinti tuo, kad fungicidų panaudojimas tik žiedpumpurių tarpsniu nuo uogų puvinių nėra pakankamai efektyvus ir nesutampa su kekerinio puvinio sukėlėjo biologinio vystymosi tarpsniais.