Nuo 2004 m. gegužės 1 d. PVM mokėtojai turi naudoti laisvos formos blanko PVM sąskaitas faktūras. PVM sąskaitas faktūras galima išrašyti ne tik popieriniame pavidale, bet ir elektronine forma, tačiau tai turi būti suderinta su pirkėju. Turi būti užtikrintas PVM sąskaitos faktūros turinio autentiškumas ir vientisumas.

PVM sąskaitoje faktūroje turi būti nurodyta:

• PVM sąskaitos faktūros išrašymo data;
• PVM sąskaitos faktūros serija ir numeris, leidžiantys identifikuoti PVM sąskaitą faktūrą;
• prekių tiekėjo ar paslaugų teikėjo PVM mokėtojo kodas;
• prekių arba paslaugų pirkėjo (kliento) PVM mokėtojo kodas;
• prekių tiekėjo arba paslaugų teikėjo pavadinimas arba vardas, pavardė (jeigu tai fizinis asmuo) ir buveinė arba nuolatinė gyvenamoji vieta (jeigu tai fizinis asmuo);
• prekių arba paslaugų pirkėjo (kliento) pavadinimas arba vardas, pavardė (jeigu tai fizinis asmuo) ir adresas;
• tiekiamų prekių arba teikiamų paslaugų pavadinimas;
• prekių tiekimo arba paslaugų teikimo data, jeigu ji nesutampa su PVM sąskaitos faktūros išrašymo data. Jeigu PVM sąskaita faktūra įforminama, kad gautas avansas, reikia nurodyti jo gavimo dieną (jei ji nesutampa su PVM sąskaitos faktūros išrašymo data;
• tiekiamos prekės arba teikiamos paslaugos vieneto kaina (be PVM), taip pat nuolaidos, neįtrauktos į vieneto kainą;
• tiekiamų prekių arba teikiamų paslaugų, apmokestinamų taikant vienodą tarifą, apmokestinamoji vertė;
• PVM tarifas (tarifai); tPVM suma nacionaline valiuta;
• kai įforminamas prekių ir (arba) paslaugų, kurios neapmokestinamos, apmokestinamos, taikant 0 procentų PVM tarifą, arba už kurias prievolė apskaičiuoti (arba išskaityti) ir sumokėti PVM tenka pirkėjui (klientui), tiekimas (teikimas), – nuoroda į atitinkamą PVM įstatymo arba Direktyvos 77/388/EEB nuostatą;

Žemės ūkio ministro įsakyme Nr. 3D–80 (2004 m. vasario 27 d.) Dėl papildomų privalomųjų rekvizitų pridėtinės vertės mokesčio sąskaitose faktūrose ir kituose ž.ū. produkcijos pirkimo dokumentuose nustatymo nurodyta, kad PVM sąskaitose faktūrose ar kituose ž.ū. produkcijos pirkimo dokumentuose be teisės aktais nustatytų privalomųjų rekvizitų turi būti nurodyti ir bendri apskaitos dokumentų rekvizitai:

• tiekėjo (pardavėjo) banko pavadinimas, banko kodas, atsiskaitomoji sąskaita;
• ūkininko ūkio registravimo pažymėjimo Nr., ūkininko pažymėjimo Nr. arba kito dokumento pavadinimas ir Nr., paso serija ir Nr.;
• transporto važtaraščio (lydraščio) Nr., automobilio Nr., kelionės lapo Nr., vairuotojo vardas, pavardė; pirkėjo įmonės vadovo įgalioto asmens vardas, pavardė, pareigos ir parašas.

Be šių dar turi būti įrašyti ir kiti rekvizitai, turintys įtakos ž.ū. produkcijos įskaitomajam svoriui ar kainai, pavyzdžiui, gyvulių įmitimo kategorija, pieno rūšis ir pan.

Pagal Pridėtinės vertės mokesčio įstatymo nuostatas, perdirbėjai (pirkėjai), jeigu jie yra PVM mokėtojai, išrašo PVM sąskaitas faktūras už Lietuvos Respublikoje registruotų PVM mokėtojų (tiekėjų) tiekiamą ž.ū. produkciją.

PVM sąskaitas faktūras už tiekiamą produkciją turi išrašyti:

ž.ū. produkcijos perdirbėjai, supirkėjai - tarpininkai, kurie perparduoda supirktą produkciją perdirbėjams; didmenininkai, kurie ž.ū. produkciją eksportuoja arba tiekia į kitas Europos Sąjungos valstybes nares arba perparduoda kitiems ūkio subjektams ir pan., jei jie ž.ū. produkciją superka: 

• iš asmenų, PVM mokėtojų, kurie verčiasi ž.ū. veikla (įskaitant ž.ū. bendroves, PVM mokėtojas);
• iš ūkininkų, kuriems taikoma PVM kompensacinio tarifo schema.

Sąskaita faktūra. Jei perdirbėjai, supirkėjai – tarpininkai (ir PVM mokėtojai, ir ne PVM mokėtojai), produkciją perka iš minėtųjų asmenų (išskyrus ūkininkus, kuriems taikoma PVM kompensacinio tarifo schema), kurie nėra PVM mokėtojai, tai jie turi išrašyti ne PVM sąskaitą faktūrą, o sąskaitą faktūrą.

Jei produkcija parduodama kitiems asmenims, PVM sąskaitas faktūras išrašo produkcijos tiekėjas (ūkininkas, ž.ū. bendrovė ir pan.). Pavyzdžiui, kai ūkininkas ar ž.ū. bendrovė (PVM mokėtojai) tiekia daržoves, vaisius ir kitus produktus, skirtus galutiniam vartojimui, parduotuvėms, restoranams ir pan., tuomet jie ir išrašo prekių PVM sąskaitas faktūras. Jeigu minėtosios produkcijos tiekėjai ir nėra PVM mokėtojai, jie vis tiek pirkėjams (kai prekės skirtos galutiniam vartojimui) turi išrašyti sąskaitas faktūras, tačiau pagal PVM įstatymo 79 straipsnio nuostatas, pagal susitarimą prekių (paslaugų) tiekimą pardavėjo vardu gali įforminti ir prekių (paslaugų) pirkėjas.

PVM kompensacinis tarifas

Ūkininkui, kuriam taikoma PVM kompensacinio tarifo schema, PVM sąskaitas faktūras visais atvejais turi išrašyti produkcijos pirkėjas, nepriklausomai nuo to, kam ūkininkas tiekia produkciją: perdirbėjams, tarpininkams, prekybinėms bendrovėms, visuomeninio maitinimo įmonėms ir pan.

Kai ūkininkas, kuriam taikoma PVM kompensacinio tarifo schema, produkciją ar paslaugas parduoda ne PVM mokėtojui, tai tokiam pirkėjui jis pats turi išrašyti laisvos formos apskaitos dokumentą. Tokiame dokumente turi būti nurodomi šie rekvizitai:

• apskaitos dokumento pavadinimas;
• ūkininko vardas ir pavardė;
• ūkinės operacijos arba ūkinio įvykio turinys;
• ūkinės operacijos arba ūkinio įvykio rezultatas pinigine ir (arba) kiekybine išraiška;
• ūkininko vardas arba pirmoji vardo raidė, pavardė, parašas; tūkininko kodas, kompensacinis 6 proc. PVM tarifas ir suma litais;
• žemės ūkio produkciją ar paslaugas perkančio juridinio asmens pavadinimas;
• kodas, buveinė arba fizinio asmens vardas ir pavardė; tnuolatinė gyvenamoji vieta, kodas.

Šiame dokumente gali būti nurodomi ir kiti duomenys, susiję su teikiamų žemės ūkio paslaugų kiekybiniais bei kokybiniais rodikliais.

Visi PVM mokėtojai ir išrašomas, ir gaunamas PVM sąskaitas faktūras privalo registruoti Išrašomų PVM sąskaitų faktūrų registre (FR0672 forma „Išrašomų PVM sąskaitų faktūrų registro duomenys“) ir Gaunamų PVM sąskaitų faktūrų registre (FR0671 forma „Gaunamų PVM sąskaitų faktūrų registro duomenys“). Šie registrai saugomi 10 metų ir pateikiami mokesčių administratoriui, jei šis jų pareikalauja.